Elle a été fondée le 10 février 1989. Depuis lors, de nombreux membres de l'Association allemande des usagers des chemins de fer (Deutscher Bahnkunden-Verband e. V.) travaillent bénévolement à la conception de la collection, à sa présentation et à l'organisation des journées d'ouverture.

En 1985, la première exposition de ce qui allait devenir le Musée du S-Bahn a été inaugurée dans un petit espace du centre voyageurs de l'Association des voyageurs de Berlin, à la gare de Beusselstraße. En 1997, le musée a déménagé dans des locaux plus spacieux, au sein de la sous-station de la gare de S-Bahn de Griebnitzsee. Ce déménagement dans le Brandebourg a souligné l'importance renouvelée du S-Bahn berlinois pour la région. Malheureusement, l'exposition a dû fermer ses portes fin 2016/début 2017 suite à la résiliation du bail pour non-respect des normes de sécurité incendie. Depuis, le musée est à la recherche de nouveaux locaux. Depuis mi-2023, grâce au soutien de la Chancellerie du Sénat de Berlin et de DB Infrago, nous gérons un espace d'exposition temporaire (« Musée lumière ») à la gare de l'Est de Berlin (Ostbahnhof) et y exposons actuellement une sélection de nos collections.

Image : Oui, et voici à quoi ressemblait autrefois le musée de Griebnitzsee.